閉領域を塗りつぶすには、開いた領域を塗りつぶすことを考えればいい。
塗りつぶしのアルゴリズムで閉領域フィルができそう。→ SAIでもツールを組み合わせば閉領域フィル可能では?
4.ここから閉領域フィル
4-1.自動選択ツールで周辺を選択(塗りつぶしと同じアルゴリズムで範囲選択)
4-2.選択範囲を反転することで、閉領域を選択状態にする(境界線を含む)
5.元画像の下になるよう重ねてレイヤー統合。2で選択した範囲内で閉じている領域だけ塗りつぶされている。
(手間を省くため、塗りつぶしではなく自動選択ツールを使ったけど、「領域検出元」レイヤーと透明色での塗りつぶしを駆使すれば同じことができる。線と塗りつぶしの色が違うなら透明色での塗りつぶしだけでも可能)
この手順を自動化さえすれば、機能としての閉領域フィルになる。